Frontier bắt đầu với việc Raguna đang trên đường đi tìm kiếm một cô gái mất tích, Mist, cô đã chuyển đến một thị trấn mới vì có ai đó gọi cô trong giấc mơ. Raguna cũng chuyển vào thị trấn, sống trong ngôi nhà bên cạnh một cánh đồng. Sau đó Raguna phát hiện ra rằng hòn đảo cá voi trên bầu trời lại có nguy cơ bị rơi xuống thị trấn. Bằng cách nào đó số phận của Mist và một cô gái khác tên là Iris lại bị trói chặt với hòn đảo cá voi này. Anh bắt đầu chiến đấu với những quái vật song song với việc kiếm sống ở Trampoli. Sau khi đi qua các hang động, anh vô tình tìm thấy được những điều bí ẩn hết sức kỳ lạ..